| 1966年，离开香港的周慕云藏起了一个秘密，直到在新加坡遇到了苏丽珍。谜一般的苏丽珍让他想起另一个身影，那个也叫苏丽珍的女人在他心里一直是个没有人知道的过去。周慕云的眼光跟随着苏丽珍穿梭在赌场里，她拯救周慕云的沉溺，却不愿跟着周慕云离开。独自回到香港的周慕云，在平安夜巧遇了旧识Lulu(刘嘉玲饰)，然而Lulu却对前尘往事毫无记忆。Lulu想不起和周慕云的那段过去，周慕云却在Lulu居住的酒店里发现了一组似曾相识的数字：2046。2046号房曾经充满了周慕云和苏丽珍的回忆，如今只剩下Lulu与男友CC(张震饰)爱恨交缠的痕迹。周慕云于是搬进了2047号房，知道了酒店老板两个女儿王洁雯(董洁饰)与王静雯(王菲饰)各有心事，洁雯情窦初开，静雯与日籍男友的恋情不被允许。此时新房客白玲(章子怡饰)住了进来，白玲一身风尘，撩拨起周慕云不费吹灰之力，然而当她动了真情，才发现周慕云早已封锁了内心。于是周慕云开始动笔撰写一部名为《2046》的小说，小说中只要搭上了前往2046的列车，人们不可以找回失去的记忆。没有人想离开2046，除了一个名叫Tak(木村拓哉饰)的男子。热恋中的静雯不会知道，故事里她化身的冰冷机器人，曾经带给Tak最渴求的温暖，她的存在是Tak记忆里最大的秘密。一直到了公元2046年，那班神秘列车依旧定期地开往2046 |
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